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NCBI: 06-JUL-2013
⊟Summary[edit | edit source]
- organism: Staphylococcus aureus Newman
- locus tag: NWMN_1345 [new locus tag: NWMN_RS07590 ]
- pan locus tag?: SAUPAN003878000
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- synonym:
- product: hypothetical protein
⊟Genome View[edit | edit source]
⊟Gene[edit | edit source]
⊟General[edit | edit source]
- type: CDS
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- symbol: ebh1
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- replicon: chromosome
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- coordinates: 1486448..1507543
- length: 21096
- essential: unknown other strains
⊟Accession numbers[edit | edit source]
- Gene ID: 5331883 NCBI
- RefSeq: YP_001332379 NCBI
- BioCyc:
- MicrobesOnline: 3706897 MicrobesOnline
⊟Phenotype[edit | edit source]
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⊟DNA sequence[edit | edit source]
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21061GTGAATTATCGTGATAAAATTCAAAAGTTTAGTATTCGTAAATATACAGTTGGTACATTT
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GAGAATCGAGAATCTCAAGTACAAAATTCTCAAAATTCACAAAATGGTCAATCATTATCT
GCTACTCATGAAAATGAGCAACCAAATATTAGTCAAGCTAATTTAGTAGATCAAAAAGTA
GCGCAATCATCTACTACTAATGATGAACAACCAGCATCTCAAAATGTAAATACAAAGAAA
GATTCGGCAACGGCTGCGACAACACAACCAGATAAAGAACAAAGTAAGCATAAACAAAAC
GAAAGTCAATCTGCTAATAAAAATGGAAACGACAATAGAGCGGCTCATGTAGAAAATCAT
GAAGCAAATGTAGTAACAGCTTCAGATTCATCTGATAATGGTAACGTACAACATGACCGA
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AATGCAGATTCTGGCACATTTAACTATGTAAAAGGCATTTTTGATAAGATTAATACGTTA
TTAGGCAGTAATGATCCAATAAACAATAAAGACTTGCAACTTGCATACAAAGAATTGGAA
CAAGCTGTTGCTTTAATTCGTACAATGCCTCAACGTCAACAGACTAGCCGACGTTCAAAT
AGAATTCAAACGCGTTCGGTTGAGTCAAGAGCTGCAGAGCCTAGATCAGTATCAGACTAT
CAAAATGCAAATTCATCATATTATGTTGAAAATGCTAATGATGGTTCGGGCTATCCTGTT
GGTACATATATCAATGCTTCTAGTAAAGGGGCGCCATATAATTTACCAACTACACCATGG
AATACATTGAAGGCCTCTGACTCAAAGGAAATTGCTCTTATGACAGCGAAACAAACTGGA
GACGGGTACCAATGGGTTATTAAGTTTAATAAAGGACATGCTCCACATCAAAATATGATC
TTTTGGTTTGCATTACCAGCAGACCAAGTGCCAGTAGGAAGAACTGACTTTGTAACAGTT
AATTCAGATGGAACAAATGTACAATGGAGTCATGGAGCAGGAGCAGGTGCAAATAAACCA
CTTCAACAAATGTGGGAATATGGAGTAAATGATCCTCATCGTTCACATGACTTTAAAATA
AGAAATAGAAGTGGCCAAGTAATATATGACTGGCCAACTGTCCATATTTATTCTTTAGAA
GATTTATCTAGAGCGAGTGATTATTTTAGTGAAGCTGGAGCGACACCTGCTACTAAAGCT
TTTGGTAGACAAAATTTTGAATATATTAATGGTCAAAAACCTGCTGAATCACCGGGTGTT
CCTAAAGTTTATACTTTCATCGGTCAAGGTGATGCAAGTTATACAATTTCATTTAAAACA
CAAGGTCCAACTGTTAATAAATTGTACTATGCAGCAGGTGGGCGTGCTTTAGAGTACAAT
CAATTATTTATGTACAGTCAACTATACGTCGAATCAACGCAAGACCATCAACAACGTCTT
AATGGTTTAAGACAAGTGGTTAATCGTACATATCGCATAGGTACAACTAAACGTGTAGAA
GTGAGTCAAGGAAATGTACAAACGAAAAAGGTATTAGAAAGTACAAACCTAAATATAGAT
GATTTTGTTGATGATCCTTTAAGTTATGTTAAGACGCCGAGTAATAAAGTGTTAGGATTT
TATTCGAATAATGCAAATACTAATGCTTTTAGACCGGGTGGAGCCCAACAATTAAATGAA
TATCAATTAAGTCAATTATTTACTGATCAAAAATTACAAGAAGCAGCAAGAACTAGAAAC
CCAATAAGATTAATGATTGGTTTCGACTATCCTGATGCTTATGGTAATAGTGAAACTTTA
GTTCCTGTTAACTTAACGGTATTACCTGAAATCCAACATAATATTAAATTCTTTAAAAAT
GACGATACTCAAAATATTGCTGAAAAACCATTTTCAAAACAAGCTGGGCATCCAGTTTTC
TATGTATATGCAGGTAACCAAGGGAATGCTTCCGTGAATTTAGGTGGTAGCGTAACATCT
ATTCAACCATTACGTATTAATTTAACAAGTAATGAGAATTTTACAGATAAAGATTGGCAA
ATTACAGGTATTCCGCGTACATTACACATTGAAAACTCGACAAATAGACCTAATAATGCC
AGAGAACGCAATATTGAACTTGTTGGTAACTTATTACCAGGGGATTACTTTGGAACGATA
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GGAATACCGTTGGATCCATCGGCATTGGTTTATTTAGTTGCACCAACAAATCAAACTACG
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CCTGTAGGTAAACAAATTAGAGCAGTAGTTTATTATAATAAAGTAGTTGCATCTAATATG
AGTAATGCTGTTACTATTTTGCCAGATGACATTCCACCAACAATCAATAATCCTGTTGGA
ATAAATGCCAAATACTATCGAGGCGACGAAGTCAACTTTACAATGGGTGTCTCTGATAGA
CATTCTGGTATAAAAAATACAACTATTACGACATTGCCGAATGGTTGGACATCAAATTTA
ACAAAAGCGGATAAGAATAATGGCTCATTATCTATTACAGGTAGAGTGAGTATGAATCAG
GCATTTAACAGTGATATTACATTTAAAGTGTCAGCGACAGACAATGTCAATAATACGACA
AATGATAGTCAATCTAAACATGTTTCAATTCATGTAGGTAAAATTAGTGAAGATGCTCAT
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GATGAAAAGCAAAGCATAATTACTGCCTTTATGAATAAAAACCAAAATATAAGAGGATAT
TTAGCATCAACTGATCCAGTAACTGTCGATAATAATGGTAATGTCACATTACATTACCGT
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CCTGAATACCAAACTGTCAATGCTGCTAAAACAGCAACGGTAACGATTGCTAAAGGACAA
TCATTTAGTATTGGTGATATTAAACAATATTTTACTTTAAGTAATGGACAACCTATTCCA
AGTGGCACATTTACAAATATTACATCTGATAGAACTATTCCAACTGCACAAGAAGTTAGT
CAAATGAACGCAGGCACGCAGTTATACCATATAACTGCTACAAATGCGTATCATAAAGAT
AGTGAAGACTTCTATATTAGTTTGAAAATCATCGATGTGAAACAACCAGAAGGCGATCAA
CGTGTATATCGTACATCAACATATGATTTAACTACTGATGAAATCTCAAAAGTAAAACAA
GCATTTATTAATGCAAATAGAGATGTAATTACGCTTGCCGAAGGTGATATTTCAGTTACA
AATACACCTAATGGTGCTAATGTAAGTACTATTACAGTAAATATTAATAAAGGTCGATTA
ACGAAATCATTCGCGTCAAACCTAGCTAATATGAATTTCTTGCGTTGGGTTAATTTCCCA
CAAGATTATACAGTGACATGGACGAATGCAAAAATTGCAAACAGACCAACAGATGGTGGT
TTATCATGGTCTGATGACCATAAATCTTTAATTTATCGTTATGATGCTACATTAGGTACT
CAAATTACGACGAATGATATTTTAACAATGTTAAAAGCAACAACTACAGTGCCTGGATTG
CGAAATAACATTACTGGTAATGAAAAATCACAAGCAGAAGCTGGCGGAAGACCTAACTTT
AGAACGACTGGTTATTCACAATCAAATGCGACAACTGATGGTCAACGTCAATTTACGTTG
AATGGTCAAGTGATTCAAGTGTTAGACATCATCAACCCTTCAAACGGTTATGGTGGGCAA
CCTGTTACAAATTCAAATACTCGTGCAAACCATAGTAACTCAACTGTTGTTAACGTAAAC
GAACCGGCAGCTAATGGTGCTGGCGCATTTACAATTGACCACGTTGTAAAAAGTAATTCT
ACACATAATGCAAGTGATGCAGTTTATAAAGCACAGTTATACTTAACGCCATATGGTCCA
AAACAATATGTTGAACATTTAAATCAAAATACAGGAAATACTACTGACGCTATTAACATT
TATTTTGTACCAAGTGACTTAGTGAATCCAACAATTTCAGTAGGTAATTACACTAATCAT
CAAGTGTTCTCAGGTGAAACATTTACAAATACTATTACAGCGAATGATAACTTTGGTGTG
CAATCTGTAACTGTACCAAATACATCACAAATTACAGGTACTGTTGATAATAACCATCAA
CATGTTTCTGCAACGGCACCAAATGTGACATCAGCAACTAATAAGACAATCAATTTATTA
GCAACTGATACAAGCGGCAATACAGCTACAACTTCGTTCAATGTAACAGTGAAACCTTTG
CGTGATAAATATCGAGTTGGTACTTCATCAACGGCTGCTAATCCTGTGAGAATTGCCAAT
ATTTCGAATAATGCGACAGTATCACAAGCTGATCAAACGACAATTATTAATTCGTTAACG
TTTACTGAAACAGTACCAAATAGAAGTTATGCAAGAGCAAGTGCGAATGAAATCACTAGT
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GTTGCACATTCGCATTACACTGTACAAGGCCAAGACTTCCCAGCAGGTAATGGTTCTAGT
GCATCAGATTACTTTAAGTTATCTAATGGTAGTGACATTGCAGATGCAACTATTACATGG
GTAAGTGGACAAGCGCCAAATAAAGATAATACACGTATTGGTGAAGATATAACTGTAACT
GCACATATCTTAATTGATGGCGAAACAACGCCGATTACGAAAACAGCAACATATAAAGTA
GTAAGAACTGTACCGAAACATGTCTTTGAAACAGCCAGAGGTGTTTTATACCCAGGTGTT
TCAGATATGTATGATGCGAAACAATATGTTAAGCCAGTAAATAATTCTTGGTCGACAAAT
GCGCAACATATGAATTTCCAATTTGTTGGAACATATGGTCCTAACAAAGATGTTGTAGGC
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TTATCTAAAGTTAAACCTGACCCACCTAGAATTGACGCAAACTCTGTGACATATAAAGCA
GGTCTTACAAACCAAGAAATTAAAGTTAATAACGTATTAAATAACTCGTCAGTAAAATTA
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TCAATGAACAATGTGACGTATACGACGCAAGACGAACATGGTCAAGTTGTTACAGTAACA
AGAAATGAATCTGTTGATTCAAATGACAGTGCAACAGTAACAGTGACACCACAATTACAA
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GAAAGATTTATTCAAAACCCGCCACATGGGGCAACGGTTGCATGGCATGATAGTCCAGAT
ACATGGAAGAATACAGTCGGTAACACTCATAAAACTGCGGTTGTAACATTACCTAATGGT
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ACATTTGATCCAAATACAAACACAAATGGTATCACTGCAGCATGGGCAAATAGACAACAA
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CATATGCAAAATGCTACTGGTTTACCAACAGATGGATTTACGTATAAATGGAATCGTGAT
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ACATACGCTGATAAATTAGTTATTAAACGTAATGGTAACGTTGTGACGACATTTACACGT
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GTTGTTGCAACGCAAGGAAGCGGAGAGACAGTGAGTGATGAGCAACGTAGTGATGATTTC
ACAGTTGTCGCACCACAACCGAACCAAGCGACTACTAAGATTTGGCAAAATGGTCATATT
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GAAATTAACAATGCAGTTCAAGTTGCTAATAAACGTACTGCAACGATTAAAAATGGCACA
GCAATGCCTACTAATTTAGCTGGTGGTAGCACAACGACGATTCCTGTGACAGTAACTTAC
AATGATGGTAGTACTGAAGAAGTACAAGAGTCCATTTTCACAAAAGCGGATAAACGTGAG
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CTAACTAAAGTTCGTGCAGCACAAACTAAGATTGATCAAGCTAAAGCATTACTTCAAAAT
AAAGAAGATAATAGCCAATTAGTAACGTCTAAAAATAACTTACAAAGTTCTGTGAACCAA
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ACAGGTACAACGACTGGTAAGAAGCCGGCAAGTATTACTGCTTACAATAATTCGATTCGT
GCACTTCAAAGTGACTTAACAAGTGCTAAAAATAGCGCTAATGCTATTATTCAAAAGCCA
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TTAACGCAAGCAATTAATCAATTAGTACCTTTAGCTGATAATAGTGCTTTAAAAACTGCT
AAGACGAAACTTGATGAAGAAATCAATAAATCAGTAACTACTGATGGTATGACACAATCA
TCAATCCAAGCATATGAAAATGCTAAACGTGCGGGTCAAACAGAATCAACAAATGCACAA
AATGTTATTAACAATGGTGATGCGACTGACCAACAAATTGCCGCAGAAAAAACAAAAGTA
GAAGAAAAATATAATAGCTTAAAACAAGCAATTGCTGGATTAACTCCAGACTTGGCACCA
TTACAAACTGCAAAAACTCAGTTGCAAAATGATATTGATCAGCCAACGAGTACGACTGGT
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AAAGCGCCTTTAGAAAATGCGAAAAATCAACTACAACATAGTATTGACACGCAAACAAGT
ACAACTGGTATGACACAAGACTCTATAAATGCATACAATGCGAAGTTAACAGCTGCACGT
AATAAGATTCAACAAATCAATCAAGTATTAGCAGGTTCACCGACTGTAGAACAAATTAAT
ACAAATACGTCTACAGCAAATCAAGCTAAATCTGATTTAGATCATGCACGTCAAGCTTTA
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CCAACGGATACAACAGGTATGACGACCGCTTCGTTAAATGCGTACAACCAAAAATTACAA
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GCAGTTTCAAGTGCCGAAACAATCATTAATCAAACAACAAATCCAACGATGTCTGTTGAT
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AATATGACGCATTTAACAACTGCACAAAAAACGAATTTAACAAACCAAATTAATAGTGGT
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GATAAGTCAGGAACATTAGCGAGCCAAAACTTCTTGGATGCTGATGAGCAAAAACGTAAT
GCATACAATCAAGCTGTATCAGCAGCCGAAACCATTTTAAATAAACAAACTGGACCGAAT
ACAGCGAAAACAGCAGTCGAACAAGCACTTAATAATGTTAATAATGCGAAACATGCATTA
AATGGTACGCAAAACTTAAACAATGCGAAACAAGCAGCGATTACAGCAATCAATGGCGCA
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GTATCTAATGCACAAGATGTACAGCACAATGCGACTGAACTGAACACGGCAATGGGCACA
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GCGAAAGGTATCATTAATCAAACTAACAATCCGACTATGGATACTAGTGCGATTACCCAA
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GCACAAAACACTGCTAAGCAAAACTTAAATACATTATCACACTTAACAAATAACCAAAAA
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AATGCAGCAACTGAGTTGAATACGCAAATGGGTAACTTGGAACAAGCTATCCATGATCAA
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ACAAATGCGGTAAGCAGAGCTGAAGCAATTCTGAATAAAACGCAAGGTGCAAATACGTCT
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GGTGTTGAAGCTGTATCTAATACGAGTACACAATTGAATACAGCGATGGCTAACTTGCAA
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GATAAGAAAACTGCTTATACTCAAGCCGTTACGAACGCAGAAAATATTTTAAATAAAAAT
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GCAAATGAACTTAATACAGCTATGGGTCAATTACAACATGGTATTGATGATGAAAATGCA
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GCTGTAGCTGCTGCGAAAGCAATTTTAAATAAACAAACAGGTTCAAATTCAGATAAAGCA
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AATGCACAACGTACTGACTTAGAAGGCCAAATCAATCAAGCGACGACTGTTGATGGCGTT
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GTAGCTGGTGTAAATCAAGAAACTGCAAAAGCAACAGAATTAAATAACGCAATGCATAGT
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GCGAAACAGGCTGCTAACACAGCGATTACAAATGCTTCGGACTTAAATACAAAACAAAAA
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AAAACGAAAGCACAAGACTTAGATGGTGCAATGCAACGATTACAATCAGCTATAGCAAAT
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CCTGATAAGCAAGGTGCTTATACTGATGCATATAATGCTGCGAAAAACATTGTAAATGGT
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AAGAAAAATGCATACAATGAAGCGGTTCATAATGCTGAAAATATTTTAAATAAATCTACA
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⊟Protein[edit | edit source]
⊟General[edit | edit source]
- locus tag: NWMN_1345 [new locus tag: NWMN_RS07590 ]
- symbol: Ebh1
- description: hypothetical protein
- length: 7031
- theoretical pI: 7.74354
- theoretical MW: 752575
- GRAVY: -0.696231
⊟Function[edit | edit source]
- TIGRFAM: hyperosmolarity resistance protein Ebh (TIGR04264; HMM-score: 3948.8)and 2 moregram-positive signal peptide, YSIRK family (TIGR01168; HMM-score: 37.2)Central intermediary metabolism Nitrogen fixation V-containing nitrogenase, delta subunit (TIGR02930; EC 1.18.6.1; HMM-score: 9.3)
- TheSEED :
- Putative Staphylococcal surface anchored protein
- PFAM: B_GA (CL0598) FIVAR; FIVAR domain (PF07554; HMM-score: 1598.3)and 8 moreGA; GA module (PF01468; HMM-score: 1236.6)E-set (CL0159) aRib; Atypical Rib domain (PF18938; HMM-score: 55.4)no clan defined YSIRK_signal; YSIRK type signal peptide (PF04650; HMM-score: 36.6)E-set (CL0159) Rib; Rib domain (PF08428; HMM-score: 22.5)RibLong; Long Rib domain (PF18957; HMM-score: 16.9)Dim_A_B_barrel (CL0032) ydhR; Putative mono-oxygenase ydhR (PF08803; HMM-score: 11.6)B_GA (CL0598) GA-like; GA-like domain (PF17573; HMM-score: 9.3)EF-G_C (CL0437) SBDS_domain_II; SBDS protein, domain II (PF09377; HMM-score: 7.8)
⊟Structure, modifications & cofactors[edit | edit source]
- domains:
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- cofactors:
- effectors:
⊟Localization[edit | edit source]
- PSORTb: Cellwall
- Cytoplasmic Score: 0
- Cytoplasmic Membrane Score: 0
- Cellwall Score: 5.69
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- DeepLocPro: Extracellular
- Cytoplasmic Score: 0.0143
- Cytoplasmic Membrane Score: 0.0013
- Cell wall & surface Score: 0.3786
- Extracellular Score: 0.6058
- LocateP: Secretory(released) (with CS)
- Prediction by SwissProt Classification: Extracellular
- Pathway Prediction: Sec-(SPI)
- Intracellular possibility: -0.17
- Signal peptide possibility: 1
- N-terminally Anchored Score: -1
- Predicted Cleavage Site: SQAHAAET
- SignalP: Signal peptide SP(Sec/SPI) length 39 aa
- SP(Sec/SPI): 0.989827
- TAT(Tat/SPI): 0.008321
- LIPO(Sec/SPII): 0.000673
- Cleavage Site: CS pos: 39-40. AHA-AE. Pr: 0.9825
- predicted transmembrane helices (TMHMM): 0
⊟Accession numbers[edit | edit source]
⊟Protein sequence[edit | edit source]
- 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⊟Experimental data[edit | edit source]
⊟Expression & Regulation[edit | edit source]
⊟Operon[edit | edit source]
⊟Regulation[edit | edit source]
- regulator:
⊟Transcription pattern[edit | edit source]
- S.aureus Expression Data Browser: data available for NCTC8325
⊟Protein synthesis (provided by Aureolib)[edit | edit source]
- Aureolib: no data available
⊟Protein stability[edit | edit source]
- half-life: no data available
⊟Biological Material[edit | edit source]
⊟Mutants[edit | edit source]
⊟Expression vector[edit | edit source]
⊟lacZ fusion[edit | edit source]
⊟GFP fusion[edit | edit source]
⊟two-hybrid system[edit | edit source]
⊟FLAG-tag construct[edit | edit source]
⊟Antibody[edit | edit source]
⊟Other Information[edit | edit source]
You can add further information about the gene and protein here. [edit]